Diferindo-se de KOF '98, o campeonato de 99 tem seus motivos para acontecer, dando o primeiro episódio de uma nova trama. É o final do torneio de 97: com os poderes combinados de Kyo Kusanagi, Chizuru Kagura e Iori Yagami, Orochi foi derrotado e selado pela eternidade. Após a batalha, Iori desaparece misteriosamente e Kyo exausto, tomba no chão. Um indivíduo conhecido como Krizalid, que acompanhou o campeonato desde o princípio, viu ali a possibilidade de alcançar seu ambicioso plano: dominar o mundo através de soldados criados do DNA do mais poderoso lutador do notório torneio. Devido ao seu lastimável estado físico, Kyo é capturado por Krizalid. Despertando meses depois, Kyo escapa do laboratório onde estava, mas já era tarde: Krizalid alcança seu objetivo e os 2 primeiros clones são criados: só que eles tinham pouca experiência de batalha, e isso levou o vilão a ressuscitar o torneio The King of Fighters. Então, Krizalid começa a enviar convites aos maiores lutadores do planeta. Logo, têm-se início outro campeonato...